08 июня  2016 г.

М.А. Алексеев (Университет Джорджа Вишингтона, США)

"Последние достижения в анализе эволюционных транспозиций" 

      Геномные перестройки представляют собой эволюционные "землетрясения", изменяющие структуру геномов. Минимальное количество геномных перестроек между двумя геномами (т. н. геномное расстояние) представляет собой довольно точную меру для оценки их эволюционного расстояния и часто используется в этом качестве в сравнительной геномике. Однако существующая удобная модель операций Двойных-Разрезов-и-Склеек (Double-Cut-and-Join, DCJ) для анализа наиболее частых геномных перестроек (инверсий, транслокаций, хромосомных делений и склеек) и вычисления соответствующего расстояния не учитывает возможного присутствия более редких и "драматичных" транспозиционных перестроек.    

      В этом докладе, я покажу, почему эволюционные транспозиции так сложны для анализа. В частности, мы увидим, что взвешенное геномное расстояние, предложенное для ограничения пропорции транспозиций в реконструированных сценариях перестроек геномов, на самом деле не достигает своей цели. Далее я опишу, как присутствие эволюционных транспозиций влияет на реконструкцию DCJ-сценариев между данными геномами. В заключение будут представлены два вычислительных метода для количественной оценки пропорции транспозиций среди всевозможных геномных перестроек, произошедших между двумя данными геномами в процессе эволюции.

Наверх