18 ноября  2011 г.

  М.А. Алексеев (University of South Caroline (USA); Лаборатория алгоритмической биологии при Санкт-Петербургском Академическом университете РАН)

"Вычислительные задачи и решения в сборке геномов из коротких парных ридов"       

        Популярные ныне технологии секвенирования второго поколения (Second/Next Generation Sequencing) предоставляют дешевый и быстрый способ прочтения миллионов коротких фрагментов ДНК и предвосхищают таким образом экспоненциальный рост количества известных геномов в ближайшем будущем при условии наличия эффективного и точного инструмента для ассемблирования (сборки) геномов из коротких парных подстрок (ридов).

       Существующие ассемблеры сталкиваются со множеством вычислительных препятствий – таких, как ошибки в ридах, наличие повторов (длинных похожих  подстрок) в геномах, вариации в копиях повторов, неравномерное покрытие геномов ридами, вариации в расстоянии между парными ридами и т.д.

        В своем докладе я расскажу о вычислительных задачах, связанных с этими препятствиями, и представлю новые алгоритмические подходы к их решению, разработанные в Лаборатории алгоритмической биологии при Санкт-Петербургском Академическом Университете РАН.

Наверх