Монастырь был основан в 1435 году уроженцем Нижнего Новгорода Макарием, прозванным с того времени Желтоводским, поскольку так стал называться монастырь, построенный на волжских пойменных лугах у Желтого озера. Уже в 1439 году обитель была сожжена и разорена татарами. Макария отвели в плен, но вскоре выпустили на свободу, взяв обещание не возобнавлять монастыря на прежнем месте. Макарий ушел в костромские леса и впоследствии основал другой монастырь на Ужне. Таким образом, история архитектуры монастыря в Макарьеве на Волге начинается только со времени его возобновления в 1620-е года и постройки здесь в 1624 году первой деревянной церкви.

Московское правительство еще с XVI века делало попытки перенести центр волжской торговли в русские земли, но организация ярмарки в Васильсурске - городе построенном Василием III, окончилась неудачей. Только в 1641 году следует указ об учереждении ярмарки у Макарьевского монастыря, которому передавался также сбор торговой пошлины.

Русские монастыри были в древности и культурными и хозяйственными центрами, что давало им возможность играть роль опорных пунктов при заселении края. У стен Макарьевского монастыря встречались суда, плывущие вниз по течению из старорусских земель, с теми, которые тянули бурлаки из устья Волги. Поэтому здесь, на середине Волжского пути, и закрепилась знаменитая Макарьевская ярмарка.

Все основные строения в Макарьевском монастыре были возведены за сравнительно небольшой срок - с 1651 по 1667 года, поэтому он смотрится как единый архитектурный ансамбль. В своем современном виде его территория имеет форму четырехугольника со сторонами около 200 м каждая. Это была мощная крепость регулярной планировки. Строилась она с 1662 по 1667 года и предназначалась для защиты монастыря и ярмарки от народных волнений.